Katalog osób wykonujących czynności audytu zostanie poszerzony o inspektorów i pracowników urzędów kontroli skarbowej. Pracownicy UKS i inspektorzy skarbowi czynności audytu będą wykonywać na podstawie upoważnienia, wydawanego przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej (GIKS) lub przez upoważnionego do tego dyrektora urzędu kontroli skarbowej. Po przeprowadzeniu audytu, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej lub z jego upoważnienia dyrektor urzędu kontroli skarbowej wyda sprawozdanie lub opinię.

Zdaniem MF zmiany te są istotne dla wdrażania w perspektywie finansowej 2007-2013 regionalnych programów operacyjnych. Wdrażanie tych programów spowoduje znaczny wzrost zadań dla służb kontrolnych. W konsekwencji konieczne będzie lepsze wykorzystanie zasobów i zaangażowanie większej liczby pracowników urzędów kontroli skarbowej do wykonywania zadań związanych z audytem środków pochodzących z UE.

Zmiany w ustawie o kontroli skarbowej mają wejść w życie po upływie trzech miesięcy od dnia ogłoszenia. Obecnie projekt znajduje się w uzgodnieniach międzyresortowych.