Do końca 2006 roku za wykreślenie wpisu z ewidencji przedsiębiorca nie ponosił żadnych kosztów. Teraz 10 zł opłaty można pobrać praktycznie za wydanie każdej decyzji administracyjnej niewymienionej w załączniku do ustawy. Istniejących wątpliwości nie wyeliminowała nawet informacja opublikowana przez resort finansów. Resort jednoznacznie odmówił gminom prawa do pobierania opłaty za decyzje w sprawie wykreślenia z ewidencji, jednak swoje stanowisko oparł na stwierdzeniu, że decyzje takie co do zasady wydawane są z urzędu. Tymczasem postępowania w sprawie wykreślenia wpisu bardzo często wszczynane są z inicjatywy przedsiębiorcy, w drodze pisemnego zawiadomienia. Wpis z urzędu można wykreślić tylko w ściśle określonych przypadkach.
Dlatego właśnie – co podkreślają również eksperci podatkowi – decyzje o wykreśleniu wydawane na podstawie zawiadomienia przedsiębiorcy powinny podlegać opłacie.