Podstawowym celem powstania WKS było zespolenie służb odpowiedzialnych za pobór oraz kontrolę należności budżetowych, czyli administracji podatkowej, służby celnej i kontroli skarbowej.

Zniesienie wojewódzkich kolegiów skarbowych ma przyczynić się do zwiększenia elastyczności we współpracy między poszczególnymi organami. Zdaniem resortu współpraca na szczeblu wojewódzkim między organami podległymi ministrowi finansów jest efektywniej realizowana przez poszczególne organy niż przy sztywnych procedurach obowiązujących kolegia.