W wypadku środków pochodzących z funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności instytucje odpowiedzialne za wprowadzanie programów unijnych muszą czuwać nad prawidłowym wydatkowaniem środków wspólnotowych.
Kontrola tej prawidłowości polega przede wszystkim na sprawdzeniu, czy beneficjenci realizują projekty zgodnie z umową o dofinansowanie projektu, przepisami prawa oraz wytycznymi instytucji zarządzającej. W okresie programowania 2007 – 2013 kontrole projektów może również przeprowadzać instytucja certyfikująca lub pośrednicząca w certyfikacji.
Oprócz instytucji odpowiedzialnych za prawidłowe wprowadzanie programów czynności sprawdzające mogą prowadzić również inne niezależne organy kontroli. W Polsce taką funkcję sprawuje generalny inspektor kontroli skarbowej (GIKS), który czyni to za pośrednictwem urzędów kontroli skarbowej. Takie kontrole polegają m.in. na wyrywkowym sprawdzaniu poczynionych przez samorząd wydatków kwalifikowanych. Do kontroli upoważnione są również instytucje Unii Europejskiej – Komisja Europejska, Europejski Urząd ds. Zwalczania Nadużyć Finansowych OLAF oraz Europejski Trybunał Obrachunkowy. Samorządy realizujące projekty ze środków unijnych mogą się również spodziewać kontroli z Urzędu Zamówień Publicznych oraz Najwyższej Izby Kontroli – czytamy w dzienniku.