NIK w latach 2004 2008 przeprowadziła 70 kontroli dotyczących członkowstwa Polski w Unii Europejskiej i wykorzystania przyznanych nam środków finansowych w ramach polityki spójności gospodarczej i społecznej. Jej celem jest zmniejszanie dysproporcji w poziomie rozwoju różnych regionów w UE. Kontrole te obejmowały wykorzystanie funduszy na lata 2004 – 2006 i początek wykorzystania alokacji 2007 -2013.Obecnie NIK prezentuje raport zbiorczy podsumowujący wyniki tych kontroli, koncentrując się na zarządzaniu programami operacyjnymi i realizacji projektów współfinansowanych z pieniędzy UE.

Z kontroli tych wynika, że w latach 2004 – 2005 administracja publiczna nie była należycie przygotowana do zarządzania programami i realizacji projektów. Wystąpiły opóźnienia w opracowaniu aktów prawnych, zwłaszcza rozporządzeń i dokumentów takich jak programy operacyjne, procedury i wytyczne. Niektóre przepisy krajowe nie były w pełni dostosowane do prawa UE. Niewystarczająca była ilość kadr administracji publicznej i jej przygotowanie merytoryczne. Było to spowodowane m.in. dużą fluktuacją przeszkolonych pracowników, którzy odchodzili z powodu niskich wynagrodzeń. Współpraca i koordynacja działań pomiędzy różnymi instytucjami nie była wystarczająca. Przyczyniało się to do opóźnień np. w opracowaniu instrukcji, albo prowadziło do konieczności ponownej weryfikacji złożonych wniosków wobec zmiany kryteriów. Te nieprawidłowości powodowały spiętrzenie prac i opóźnienia na dalszych etapach wdrażania programów operacyjnych, a czasami przyczyniały się do niewykorzystania środków (np. na budowę nowych jednostek rybackich – pieniądze przesunięto na modernizację istniejących). Wyraźne opóźnienia wystąpiły też we wdrożeniu Systemu Informatycznego Monitorowania i Kontroli (SIMIK), z powodu jego ciągłej modyfikacji i zmian wzorów dokumentów. Chociaż został on oficjalnie odebrany w marcu 2004, to faktycznie nie został uruchomiony do grudnia 2005 r., a w drugiej połowie 2007 r. ciągle występowały problemy z wprowadzaniem danych do systemu.

Nieprawidłowości wystąpiły także przy organizacji i w funkcjonowaniu systemu zarządzania i kontroli programów operacyjnych. Polegały one głównie na niewłaściwym stosowaniu mechanizmów kontrolnych (np. w zakresie wykrywania błędów we wnioskach o płatność i zamówieniach publicznych), złożonych, niestabilnych, niejasnych lub nadmiernie rozbudowanych procedurach (np. nakładanie obowiązków nie wynikających z prawa wspólnotowego), co przyczyniało się do opóźnień lub niskiego wykorzystania środków.

Beneficjenci napotykali znaczne trudności na skutek opóźnień administracji w wydawaniu przepisów i ich częstych zmian, stawianiu niekiedy niezasadnych wymagań, nadmiernego formalizmu, bądź asekuranctwa pracowników odpowiedzialnych za nabór i ocenę wniosków. Pomimo tych trudności beneficjenci realizowali projekty na ogół zgodnie z umowami o dofinansowanie i osiągali zakładane cele, a nieprawidłowości były nieliczne. Innym problemem, stale występującym była niska aktywność części jednostek państwowych i samorządowych w staraniach o dofinansowanie Było to spowodowane np. w przypadku parków narodowych brakiem środków na pokrycie udziału własnego, a w przypadku samorządów np. niechęcią do ryzyka ponoszenia wydatków na projekty przy braku pewności otrzymania refundacji, obawą przed zadłużeniem gminy lub niewłaściwym przygotowaniem dokumentacji.

Cele wdrażania funduszy strukturalnych na lata 2004-2006 zostały osiągnięte, o czym świadczy fakt, że osiągnięto wskaźniki realizacji niektórych programów operacyjnych znacznie lepsze niż zakładano. I tak w ramach programu Pomoc Techniczna przeszkolono kilkakrotnie więcej osób, zorganizowano wielokrotnie więcej seminariów i akcji promujących wykorzystanie Funduszy. Wyraźnie więcej osób niż planowano podjęło pracę lub dalszą naukę w wyniku realizacji programu Rozwój Zasobów Ludzkich.

Przez pierwsze 2 lata wykorzystanie środków z UE było niskie i wyniosło 7,4% na koniec 2005 r. Po wprowadzeniu zmian legislacyjnych i usprawnień dla beneficjentów nastąpiła znaczna poprawa w drugiej połowie 2006 r. i na koniec 2006 wykorzystanie środków wyniosło już 32,2%, a na koniec 2008 r. – 92,2% alokacji na cały okres. Łączna kwota, jaką Polska otrzymała z KE tytułem refundacji, wyniosła ponad 6,6 mld €, co stanowi 77% zobowiązań na lata 2004 – 2006. Przy czym KE przedłużyła okres wydatkowania środków dla niektórych programów do końca czerwca lub grudnia 2009 r., a do 31 grudnia 2010 mogą być kwalifikowane wydatki z Funduszu Spójności na inwestycje transportowe i środowiskowe. Na początku 2009 r. Polska wykorzystała 93,1 % funduszy strukturalnych i zajmowała 11 miejsce na 25 państw Unii pod względem wykorzystania funduszy strukturalnych z perspektywy 2004 -2006. Najwięcej wykorzystały Litwa, Łotwa , Estonia i Malta – 95,0 %, a najmniej Luksemburg – 83,0 %.

W przygotowywaniu do zarządzania programami operacyjnymi i do realizacji projektów współfinansowanych z funduszy UE z alokacji 2007 – 2013 administracja wykorzystała wcześniejsze doświadczenia. Kontrole NIK wykazały, że administracja publiczna była już należycie przygotowana organizacyjnie i kadrowo. Istotną zmianą było zastąpienie jednego, zarządzanego centralnie programu operacyjnego rozwoju regionalnego, 16-ma odrębnymi, zarządzanymi przez samorządy województw. Uproszczono szereg procedur, zrezygnowano z adresowania wsparcia do wąskich grup, ograniczono liczbę załączników do wniosków, uproszczono wnioski o płatność i połączono je ze sprawozdaniami z realizacji projektów, wydłużono terminy ich składania, wyjaśniono skomplikowane pojęcia w podręcznikach dla beneficjentów oraz wprowadzono zmiany, które usprawniają monitorowanie programów. Ponownie jednak wystąpiły opóźnienia w wydawaniu niektórych aktów prawnych i brak ich spójności z prawem unijnym (w mniejszej skali niż przy wcześniejszej alokacji), w opracowaniu niektórych procedur wewnętrznych i odpowiednich mechanizmów kontroli.

Kontrole NIK realizacji przez beneficjentów projektów współfinansowanych z alokacji 2007-2013 wykazały, że stosunkowo długo trwały prace związane z zatwierdzaniem projektów, podpisaniem umowy lub wydaniem decyzji. Konieczne bowiem były korekty wniosków. Bardzo niski okazał się stan zaawansowania regionalnych programów operacyjnych alokacji 2007 -2013 i wykorzystanie środków na ich realizację – do końca grudnia 2008 r. zaledwie 0,15%. Wydatki uznane za kwalifikowane na realizację programów 2007-2013 wyniosły na koniec grudnia 2008 r. tylko 0,4 % alokacji.

Jak dotąd nie wystąpiło zagrożenie anulowania przez KE części zobowiązań wobec Polski. NIK wskazuje jednak na konieczność przyspieszenia kontraktowania i wydatkowania środków z funduszy strukturalnych, aby w 2010 osiągnąć taki poziom, który nie będzie zagrażał utratą ich części.

O wadze funduszy unijnych w obecnej sytuacji gospodarczej Polski świadczy fakt, że dla przedsiębiorców są one trzecim co do wielkości źródłem pozyskiwania kapitału inwestycyjnego, dla samorządu terytorialnego i organizacji pozarządowych są istotnym źródłem finansowania projektów, które bez tej pomocy często nie zostałyby zrealizowane.