Tworzeniem nowej administracji zajmie się specjalny pełnomocnik, którego w ciągu 14 dni od wejścia w życie ustawy o KAS powoła minister finansów. Jego działanie będzie sprowadzało się do zwolnienia wszystkich dzisiejszych urzędników, a następnie ich zatrudniania lub szukania na ich miejsce nowych osób.

Wszyscy dzisiejsi urzędnicy i celnicy stracą pracę z dniem 1 kwietnia 2008 r. Pełnomocnik będzie miał bowiem obowiązek zawiadomić, do dnia wejścia w życie ustawy o KAS, na piśmie osoby zatrudnione lub pełniące służbę w likwidowanych urzędach o miejscu wykonywania przez nie obowiązków służbowych w okresie nie dłuższym niż do 31 marca 2008 r.

Krajową Administracją Skarbową będzie kierował minister finansów przy pomocy dyrektorów izb administracji skarbowej i naczelników administracji skarbowej.

Ostateczny projekt ustawy o KAS nie wprowadził większych zmian, jeśli chodzi o strukturę organizacyjną nowej administracji. Wprowadzonych zostanie 16 szczebli zawodowych, gdzie stopień 16 będzie najniższy. Stopnie służbowe będzie nadawać minister finansów w akcie mianowania.

Jedną z ważniejszych zmian, jaką resort finansów wprowadził do projektu ustawy o KAS, jest rezygnacja z jednego związku zawodowego w nowej administracji. Obecny projekt przewiduje, że w KAS będzie mógł działać więcej niż jeden związek zawodowy. Zakaz zrzeszania się w związkach zawodowych będzie dotyczył jedynie kierujących jednostkami organizacyjnymi KAS.