Spór dotyczy przede wszystkim likwidacji wojewódzkich funduszy, które mają osobowość prawną i do których trafiają największe środki (65 proc. wszystkich środków z kar i opłat). Mogą się one także zadłużać, kupować udziały w spółkach, pozyskiwać środki z Unii Europejskiej i emitować własne obligacje.

Zdaniem Ludwika Węgrzyna ze Związku Powiatów Polskich likwidacja wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej utrudni samorządom wykonywanie niektórych zadań.

Wojewódzkie fundusze ochrony środowiska udzielają także samorządom kredytów na preferencyjnych warunkach oraz zapewniają wkład własny, który jest niezbędny przy realizowaniu zadań w zakresie ochrony środowiska współfinansowanych ze środków UE. Po likwidacji samorządy będą skazane na wysoko oprocentowane pożyczki w bankach, co może oznaczać niespełnienie zobowiązań określonych w traktacie akcesyjnym do UE w zakresie ochrony środowiska. Niespełnienie tych zobowiązań może spowodować bardzo wysokie kary, sięgające nawet kilkuset tysięcy euro dziennie.

Nie wszyscy uważają, że likwidacja funduszy wpłynie negatywnie na finansowanie ochrony środowiska. Ryszard Pazdan, ekspert z zakresu ochrony środowiska z Business Centre Club, zwraca uwagę, że był już taki okres, kiedy zadania z zakresu ochrony środowiska realizował wojewoda i taki system funkcjonował nie gorzej niż obecnie – czytamy w dzienniku.