Ustawa z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. Nr 227, poz. 1658) weszła w życie 26 grudnia 2006 r. Ustawa ta, obok rozporządzeń wspólnotowych, daje podstawę prawną dla wdrażania funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności w perspektywie finansowej na lata 2007-2013. Prace nad projektem ustawy przebiegały w 2006 r. równolegle z pracami nad aktami prawa wspólnotowego, regulującymi sposób programowania i wdrażanie funduszy UE oraz równolegle z nowelizacjami innych polskich aktów prawnych regulujących tę sferę, zwłaszcza ustawy o finansach publicznych. Po uchwaleniu, ustawa o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, została też dogłębnie przeanalizowana przez służby prawne Komisji Europejskiej.

Celem nowelizacji jest zmiana trzech artykułów, które budzą wątpliwości KE, co do zgodności z prawem wspólnotowym. Dotyczą one: weta wojewody (art. 28), zatwierdzania projektów własnych instytucji zarządzającej przez ministra rozwoju regionalnego (art. 35) oraz powoływania przez wojewodę komitetu monitorującego (art. 36).

W odniesieniu do kwestii prawa weta wojewody, ustanowionego w art. 28 ust. 3 ustawy, służby Komisji przyjęły stanowisko, że prawo wojewody do weta nie jest zgodne z prawem wspólnotowym, zgodnie z którym to Instytucja Zarządzająca odpowiada za wybór projektów. W opinii Komisji Europejskiej możliwość zastosowania weta przez wojewodę w stosunku do projektów wybranych przez Instytucję Zarządzającą RPO, zaciera kwestię odpowiedzialności za wybór projektów. Z tego też powodu konieczna jest zmiana art. 28 ust.3.

Należy przy tym zauważyć, że w polskim systemie prawnym istnieje od 1998 r. system nadzoru wojewody nad działalnością jednostek samorządu wojewódzkiego i dlatego w propozycji zmian odwołano się od właściwych przepisów regulujących działalność tych jednostek. Sprawowany nadzór nie powinien jednak naruszać zasad wspólnotowych określonych w rozporządzeniu Rady nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. Urz. UE L 210 z 31.07.2006, str. 25-78) – zwane Rozporządzeniem Ogólnym, ani też wkraczać w zakres regulowany przez to rozporządzenie.

Z tego powodu została zaproponowana nowa treść art. 28 ust. 3, która odwołuje się do ustrojowej zasady sprawowania przez wojewodę nadzoru nad działalnością jednostek samorządu terytorialnego na mocy art. 171 Konstytucji, która znalazła uszczegółowienie w rozdziale 7 ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie województwa oraz art. 25 ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o administracji rządowej w województwie. Nowelizacja obejmuje także art. 36 ust. 2 pkt 1 ustawy, który w obowiązującej wersji, daje wojewodzie prawo powoływania komitetu monitorującego. Pozostaje to – zdaniem Komisji Europejskiej – w sprzeczności z przepisami rozporządzenia ogólnego. W nowelizacji proponuje się przypisanie funkcji powoływania komitetu instytucji zarządzającej. Jest to o tyle uzasadnione, że w art. 60 lit h rozporządzenia ogólnego funkcja kierowania pracami komitetu monitorującego przypisana jest instytucji zarządzającej.

W nowelizacji proponuje się dostosowanie art. 35 ust. 2 pkt 8 do prawa wspólnotowego. Przepis ten nadawał Ministerstwu Rozwoju Regionalnego uprawnienia do zatwierdzania projektów własnych instytucji zarządzających w regionalnych programach operacyjnych przez co – zdaniem Komisji Europejskiej – jest niezgodny z brzmieniem art. 60 Rozporządzenia Ogólnego, na podstawie którego tylko na instytucji zarządzającej spoczywa obowiązek zarządzania programem operacyjnym i jego realizacji, w tym wyboru projektów.

Ponadto, nowelizacja obejmuje szereg mniej fundamentalnych, ale wyjaśniających i porządkujących zmian.