Pracodawcy, którym przyznano środki z funduszy strukturalnych, powinni pobierać zaliczki od wynagrodzeń wypłaconych pracownikom zatrudnionym w zwiazku z realizacją projektu. Firmy i pracownicy realizujący projekty nie korzystają ze zwolnień w podatku dochodowym. Resort finansów, kompleksowo przedstawił zasady opodatkowania pieniędzy pochodzących z Unii Europejskiej. Wynika z nich, że w większości przypadków podatek trzeba zapłacić.
Zwolnieniu podlegają tylko dotacje w rozumieniu ustawy o finansach publicznych.

Pracodawcy jako płatnicy mogą zostać pociągnięci do odpowiedzialności za niepobranie zaliczek na podatek dochodowy.

Do tej pory organy podatkowe nie przedstawiały oficjalnego stanowiska, czy wynagrodzenia z pieniędzy unijnych są zwolnione z podatku dochodowego. Na jednoznaczne instrukcje w sprawie opodatkowania tych wynagrodzeń czekali urzędnicy, którzy wstrzymywali lub odkłądali kontrole beneficjentów realizujących projekty finansowane lub współfinasowane z Unii Europejskiej.