Faktury elektroniczne miały ułatwić podatnikom życie i pozwolić na oszczędności w prowadzeniu działalności. Tymczasem pojawiają się pierwsze przypadki kwestionowania e-faktur przez urzędników skarbowych. Podatnicy narażeni są na sankcje karne skarbowe, i to nie z własnej winy. 

Rozporządzenie z dnia 14 lipca 2005 r. regulujące zasady wystawiania elektronicznych faktur (Dz.U. nr 133, poz. 1119) nie precyzuje, jak powinna wyglądać e-faktura. Tymczasem faktura elektroniczna powinna spełniać wymogi przewidziane dla faktur papierowych. Powinny się w niej znaleźć elementy, które określa rozporządzenie z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom… (Dz.U. nr 95, poz. 798). Zgodnie z jego treścią, faktura powinna być wystawiana co najmniej w dwóch egzemplarzach. Oryginał faktury powinien zawierać wyraz "oryginał", a kopia – wyraz "kopia". 

- Nie wiadomo jednak, czy e-faktura po przesłaniu drogą teletransmisji jest nadal oryginałem, czy już kopią – mówi Inarda Bielińska z kancelarii Gessel. 

Problem dostrzegł resort finansów. Wczesną jesienią ubiegłego roku pojawił się projekt rozporządzenia, który znosił m.in. wymóg oznaczania faktury jako kopia i oryginał. Wkrótce po tym zaczęły się prace nad nowelizacją ustawy o VAT. Przy okazji do ustawy miały trafić przepisy eliminujące wątpliwości związane z e-fakturami. Niestety, nic takiego się nie wydarzyło. 

Efekty tych problemów są widoczne. Duża część podatników nie zdecydowała się na wystawianie e-faktur. Przepisy o e-fakturach trzeba zatem szybko zmienić. Do tego czasu jedynym sposobem zabezpieczenia interesu podatnika jest wystąpienie o wydanie wiążącej interpretacji, co do treści e-faktury (por. treść interpretacji opolskiego urzędu skarbowego z 24 kwietnia 2006 r. nr PP/443-4-1-GK/06).

Resort finansów powinien jak najszybciej wprowadzić przepisy łagodzące wymogi dotyczące faktur elektronicznych. Takie faktury nie powinny spełniać warunków przewidzianych dla faktur papierowych.