Fundusz na nagrody będzie zasilany z planowanych puli na wynagrodzenia. Celnicy będą je otrzymywać za wzorowe wypełnianie zadań służbowych, przejawianie inicjatywy w zakresie doskonalenie organizacji i doskonalenie służby. Decyzje w tej sprawie poza ministrem właściwym ds. finansów oraz kierownikami poszczególnych jednostek będzie podejmował Szef Służby Celnej. Przyznanie tej kompetencji jest największą zmianą w stosunku do poprzedniej regulacji.
Nagrody będą miały charakter uznaniowy.