Włączenie do budżetu środków UE pozwoli połączyć środki unijne i krajowe w jeden strumień finansowy, aby ułatwić ich wykorzystanie. Wydatkami budżetu staną się wszystkie środki, przeznaczane na finansowanie programów UE, co pozwoli państwu w pełni je kontrolować.
Pojawią się też ułatwienia dla samorządów w pozyskiwaniu unijnych dotacji – w związku z tym powstanie m.in. nowa kategoria dotacji rozwojowych.
Ustawa stanowi też, że plany finansowe rządowych agencji będą zamieszczane w formie załącznika do budżetu i uchwalane łącznie z budżetem. Chodzi o plany m.in. Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, Agencji Rynku Rolnego, Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, Agencji Mienia Wojskowego. Zwiększy to przejrzystość ich ustalania i pozwoli zidentyfikować rezerwy.
Nowelizacja wprowadza też zmiany dotyczące audytu wewnętrznego w systemie finansów publicznych. Za audyt środków z UE ma odpowiadać Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej. Według rządu, dotychczas brakowało takiej koordynacji. Zniesiony zostanie też urząd Głównego Inspektora Audytu Wewnętrznego i zwiększone zostaną uprawnienia Ministerstwa Finansów.
Warunki zostania audytorem to m.in: obywatelstwo państwa UE, wykształcenie wyższe, niekaralność, międzynarodowy certyfikat uprawniający do wykonywania audytu lub aplikacja kontrolerska i egzamin przed komisją, powołaną przez prezesa Najwyższej Izby Kontroli lub egzamin na stanowisko inspektora kontroli skarbowej. Ustawa mówi też, że audytorem nie może zostać były współpracownik służb specjalnych.
Rząd zapowiada, że rozpoczyna już prace nad kolejnym etapem reformy finansów publicznych. W kolejnym etapie mają zostać zlikwidowane zakłady budżetowe, gospodarstwa pomocnicze i samorządowe fundusze celowe. Wydatki zakładów budżetowych wyniosły w 2005 r. 9 mld zł, gospodarstw pomocniczych – ponad 2,2 mld zł, samorządowych funduszy celowych – ponad 1,8 mld zł.
Zlikwidowanych ma zostać 16 wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej, które dysponują majątkiem o wartości ponad 4,4 mld zł.