Resort zapewnia, że Komisja nie zgłasza merytorycznych wątpliwości. Chodzi raczej o to, że jest to największy program pomocowy w historii UE i każda z unijnych instytucji uprawniona do jego oceny chce mu się dokładnie przyjrzeć. Formalnie KE ma na podpis dwa miesiące. Brak zgody KE nie przeszkadza jednak, by zacząć przygotowania do wykorzystania pieniędzy z programu. Kilka samorządów (np. w Siedlcach czy Końskich) zawarło w ostatnich dniach z Funduszem Ochrony Środowiska tzw. umowy wstępne w zakresie gospodarki wodno-ściekowej. W ramach takiego kontraktu przygotowywane są dokumenty niezbędne do ogłoszenia przetargu na wykonawcę inwestycji.