Wciąż nierozwiązana jest kwestia finansowych żądań samorządów. Z szacunków wynika, że w ciągu dziesięciu lat będą one musiały zainwestować, m.in. w nowy tabor, ok. 15 mld zł. Jak mówi Władysław Husejko, wicemarszałek zachodniopomorski – Samorządów na to nie stać. Władze regionalne chcą więc, by inwestycje, oprócz środków z programów regionalnych, były finansowane z rządowego programu „Infrastruktura i Środowisko” oraz z Krajowego Funduszu Kolejowego. Zabiegają też o to, by rząd przekazał pieniądze na modernizację części linii o znaczeniu regionalnym – dodaje Janusz Piechociński.
Wcześniej samorządowcy zabiegali o utworzenie funduszu rozwoju kolei. Z niego miałyby być finansowane inwestycje w nowy tabor i modernizacje torów. Pieniądze pochodziłyby z wyemitowanych przez Bank Gospodarstwa Krajowego 20-letnich obligacji z gwarancją Skarbu Państwa. W sumie z tego tytułu do kasy funduszu miałoby wpłynąć ok. 8 mld zł.
Na przekazanie spółki PKP Przewozy Regionalne nie zgadzają się jednak związki zawodowe, które obawiają się likwidacji mniej rentownych połączeń przez nowego właściciela oraz osłabienia pozycji spółki. Nie jest bowiem wykluczone, że samorządy podzielą ją na mniejsze podmioty na wzór Kolei Mazowieckich.