Kontrowersje w czasie prac sejmowych wzbudziło rozwiązanie przyjęte w ustawie, aby w każdym urzędzie marszałkowskim, urzędzie gminy oraz starostwie zatrudniono sekretarzy, których zadaniem będzie m.in. organizacja pracy urzędu i zarządzanie zasobami ludzkimi.

Ponadto, ustawa zakłada też wprowadzenie w samorządzie nowej kategorii pracowników – doradców i asystentów. Rozwiązanie wprowadza także obowiązek zatrudnienia na czas określony osoby po raz pierwszy podejmującej pracę w administracji. Określono w nim, na jakiej podstawie są zatrudniani pracownicy samorządowi – wyboru, powołania, umowy o pracę. Zrezygnowano z mianowania jako formy nawiązania stosunku pracy, które obecnie stosowane jest tylko w gminach.