e-PUAP nie jest wprawdzie najkosztowniejszym z rządowych projektów informatycznych, ale za to jednym z kluczowych. Jego budżet do 2008 r. wynosi 35 mln zł (w drugim etapie ma wynieść ponad 180 mln zł). Ze-PUAP mają być integrowane inne systemy IT, co pozwoli na udostępnianie obywatelom oraz przedsiębiorstwom usług publicznych drogą elektroniczną.