Ustawa modernizacyjna ma podwyższyć wskaźniki wielokrotności kwoty bazowej stanowiącej przeciętne uposażenie funkcjonariuszy celnych oraz dodatków do uposażenia zasadniczego, analogicznie jak w straży granicznej. Po uwzględnieniu zapowiadanych dla celników podwyżek w wysokości 500 zł na etat wskaźnik kwoty bazowej ma w 2008 roku wynieść 2,19 (w 2009 roku w służbie granicznej ma on wynosić 2,5).
Resort finansów planuje także wypłatę zaległych świadczeń z tytułu włączenia środków specjalnych do wynagrodzeń za 2005 rok dla pracowników cywilnych zatrudnionych w Służbie Celnej przeniesionych do służby od 1 września 2003 r. i w 2004 roku z urzędów skarbowych i urzędów kontroli skarbowej.