Obecne kierownictwo Ministerstwa Finansów zakłada, że do września 2008 r. system ISKOS będzie funkcjonował jedynie w ograniczonej liczbie urzędów. Ilu dokładnie – nie wiadomo. W 2006 r. system pilotażowo był wdrażany w dwóch UKS: w Poznaniu i we Wrocławiu oraz w ministerialnym Departamencie Kontroli Skarbowej.
System, który został wprawdzie pomyślany jako program analityczny, pomocny w pracy inspektorów kontroli skarbowej, w praktyce będzie jedynie „workiem informacji”, jak o nim mówią sami zainteresowani. – To jest zwykły program księgowy, który umożliwia w sposób prymitywny wyszukanie informacji np. według roku, w którym kontrola była przeprowadzona. To odpowiednik POLTAX-u, tyle że na poziomie służb skarbowych – mówi nasz informator. I dodaje: – Niestety, program nie uwzględnia wszystkich komórek w UKS. W efekcie nie wszystkie dokumenty, jakimi posługują się inspektorzy, można do niego włożyć. Dlatego dziś możliwe jest jego wykorzystywanie co najwyżej do pracy kancelaryjnej i odnotowywania wszystkich dokumentów przychodzących do urzędu i z niego wychodzących. To niejedyny mankament tego systemu. Jak dowiedziała się „Rz”, ISKOS nie jest w ogóle kompatybilny z systemami wykorzystywanymi przez administracje podatkowe innych państw UE.