Resort finansów, w związku z takim zagrożeniem, wprowadził zmiany w ustawie o finansach publicznych. Od 1 stycznia koordynacja pracy audytu wewnętrznego w zakresie środków pochodzących z Unii Europejskiej została skupiona w kompetencjach Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej.
Jak wyjaśnia Paweł Banaś, wiceminister finansów, audyt środków unijnych wykonuje departament w MF i sieć urzędów kontroli skarbowej (UKS). W urzędach tych są komórki specjalizujące się w audycie.