Chodzi w szczególności o nowy system wynagrodzeń. Duże znaczenie będą w nim miały dodatki motywacyjne dla celników na granicy, dla kontrolerów i zajmujących się egzekucją. MF szacuje, że w przyszłym roku na ich wypłatę przeznaczy ponad 10 mln zł, a na dodatki funkcyjne (wypłacane na stanowiskach kierowniczych i samodzielnych) kolejne 12 mln zł.
Funkcjonariusze zachowają dotychczasowe dodatki za stopień służbowy, a także za wieloletnią służbę, choć ten będzie się inaczej liczyło. Projekt przewiduje bowiem, że będzie przysługiwał już po dwóch latach służby (a nie jak dotychczas po pięciu) i wyniesie maksymalnie 25 proc. podstawowego uposażenia funkcjonariusza po 30 latach służby (dotychczas był ograniczony do 20 proc. uposażenia po 20 latach służby).
Jedną z ważniejszych zmian w projekcie jest odebranie celnikom prawa do urlopu na żądanie. Projektodawcy uzasadniają to koniecznością zapewnienia ciągłości służby, a urlopy na żądanie, jako nieprzewidywalne, temu przeszkadzają.