Do zapewnienia lepszej przejrzystości finansów publicznych z całą pewnością przyczyni się wprowadzenie planowania wieloletniego i tzw. budżetu zadaniowego.
W dążeniu do zapewnienia przejrzystości finansów w projekcie ustawy zauważyć można nader istotną lukę. Dotyczy to sposobu obliczania i prezentacji deficytu zarówno całego sektora finansów publicznych, jak i budżetu państwa. Obecna praktyka liczenia deficytu pozostaje w rażącej sprzeczności zarówno z przyjętą na świecie teorią finansów publicznych, jak i z obowiązującym w Unii Europejskim Systemem Rachunków Narodowych i Regionalnych ESA 95 oraz z zasadami przyjętymi przez Międzynarodowy Fundusz Walutowy i OECD.
Choć polski rząd zobowiązany jest do przekazywania z tytułu udziału Polski w UE, MFW i OECD sprawozdań dotyczących stanu finansów z prawidłowo obliczonymi deficytami, odbywa się to poza ustawą o finansach i jej regulacjami. Natomiast na użytek krajowy publikowane są dane zupełnie inne. Tak więc deficyt łączny finansów publicznych obliczony według zasad ESA 95 wynosił w 2007 r. 23,2 mld zł, co odpowiadało 2 proc. PKB, a według obliczeń Ministerstwa Finansów była nadwyżka 993 mln zł (sprawozdanie Rady Ministrów z wykonania budżetu państwa). Trudno uznać taki stan rzeczy za odpowiadający zasadzie przejrzystości finansów, a projekt nowej ustawy problemu nie zauważa. Dlatego trzeba wyjaśnić, skąd się biorą tak znaczne różnice.
Według projektu zlikwidowane mają być zakłady budżetowe na szczeblu centralnym (pozostają w samorządzie) i gospodarstwa pomocnicze, co budzi mieszane uczucia, gdyż były to instytucje pożyteczne, choć skala ich wykorzystywania przekroczyła rozsądne granice. Zastąpienie zakładów budżetowych, tam gdzie jest to uzasadnione, agencjami wykonawczymi to pomysł dobry. Gorzej jest z instytucjami gospodarki budżetowej, które w uzasadnionych przypadkach zastąpią gospodarstwa pomocnicze; sugestia w tym zakresie znajduje się w uzasadnieniu projektu ustawy, gdzie mówi się o takim przekształceniu np. gospodarstw pomocniczych przy ochotniczych hufcach pracy. Wątpliwości budzi jednak pompatyczność proponowanej nazwy „instytucja gospodarki budżetowej“ oraz nadanie osobowości prawnej.
Znakomitym pomysłem zawartym w projekcie ustawy jest z kolei wyodrębnienie budżetu środków europejskich mającego stanowić załącznik do ustawy budżetowej. Stosowana obecnie forma włączania tych środków do budżetu państwa jest fatalna, bo zaciemnia obraz sytuacji budżetowej.