Kwestie szczegółowe z tym związane normuje rozporządzenie ministra finansów z 21 grudnia 2006 r. w sprawie dokumentowania zapłaty opłaty skarbowej oraz trybu jej zwrotu ( DzU nr 246, poz. 1804). Do jego wydania zobowiązał ministra art. 10 nowej ustawy z 16 listo pada 2006 r. o opłacie skarbowej ( DzU nr 225, poz. 1635). Rozporządzenie, tak jak ustawa, weszło w życie 1 stycznia 2007 r.
Zasadą jest, że opłatę tę wnosi się na rzecz tej gminy (miasta), na której terenie ma siedzibę urząd (organ lub podmiot) dokonujący obciążonej nią czynności urzędowej, wydający zaświadczenie lub zezwolenie (pozwolenie, koncesję).
Inna zasada obowiązuje tylko wówczas, gdy chodzi o opłatę od pełnomocnictwa, prokury, substytucji, a także ich odpisów, wypisów lub kopii. Opłatę skarbową od nich wnosi się na rzecz urzędu gminy (miasta), właściwego ze względu na miejsce złożenia dokumentu, czyli w praktyce – siedzibę sądu. Adwokaci i radcowie, jeśli nie chcą osobiście fatygować się do kasy urzędu miasta czy gminy, muszą zaopatrzyć się w numery ich rachunków bankowych.