Rząd, usilnie dążący do decentralizacji państwa, zaproponował w projekcie ustawy kompetencyjnej nowy sposób powoływania dyrektorów sanepidu. W świetle powyższego projektu o obsadzie niniejszego stanowiska będzie decydował starosta, co rzekomo przyczyni się do zwiększenia jego kompetencji. Jednakże – na powołanie lub odwołanie dyrektora sanepidu starosta będzie musiał uzyskać zgodę inspektoratu wojewódzkiego.
Na ten pomysł przystają samorządy twierdząc, że będzie to gwarantem niezależności tej instytucji a ponadto przyniesie ze sobą poprawę warunków finansowych. Ci, którzy się sprzeciwiają, twierdzą zupełnie inaczej wierząc, że szef sanepidu znajdzie się pod wielka presją wywołaną związanymi z tą decyzją utrudnieniami i niedogodnościami. Pieniądze natomiast – z pewnością nie trafią do rąk pracowników.