Wytyczne wydawane są w celu zapewnienia zgodności sposobu wdrażania programów operacyjnych z prawem Unii Europejskiej, w celu spełnienia wymagań określanych przez Komisję Europejską, oraz aby zapewnić jednolitość zasad wdrażania programów operacyjnych. Wytyczne stanowią opis sposobu prowadzenia negocjacji z Komisją Europejską programów operacyjnych, finansowanych ze środków polityki spójności w ramach Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia na lata 2007-2013.
Przy opracowywaniu szczegółowych procedur prowadzenia negocjacji z KE uwzględniona będzie specyfika każdego z krajowych i regionalnych programów operacyjnych.
Wytyczne MRR wydawane są zgodnie z art. 35 ust. 3 ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju.