Za sprawdzenie każdego urzędnika Krajowy Rejestr Karny pobiera opłatę w wysokości 50 zł. Według szacunków Głównego Urzędu Statystycznego we wszystkich instytucjach samorządowych w Polsce zatrudnionych jest ponad 180 tys. urzędników. Jeśli wnioski do KRK złożą wszyscy pracodawcy samorządowi, rejestr pobierze opłaty na łączną kwotę 9 mln zł. Jednak część samorządowców, choć złożyła wnioski o sprawdzenie, czy ich podwładni nie byli karani, to jednak nie wniosła z tego tytułu opłat dla KRK.
Obowiązek sprawdzenia, czy osoby zatrudnione na stanowiskach urzędniczych figurują w Krajowym Rejestrze Karnym, nałożyła na pracodawców samorządowych ustawa z dnia 25 sierpnia 2006 r. o zmianie ustawy o pracownikach samorządowych (Dz.U. nr 169, poz. 1201). Na podstawie art. 2 ust. 1 wspomnianej ustawy, ponoszą oni opłatę zgodnie z art. 24 ust. 1 ustawy z dnia 24 maja 2000 r. o Krajowym Rejestrze Karnym (Dz.U. nr 50, poz. 580 z późn. zm.). Stanowi on, że za wydanie informacji pobiera się opłatę stanowiącą dochód budżetu państwa.
Jeśli pracodawcy składają wnioski o sprawdzenie, czy ich podwładni nie byli karani, ale nie wnoszą jednocześnie z tego tytułu opłaty, KRK zwraca się do nich z prośbą o uzupełnienie zapytania. Na dokonanie wpłaty mają 14 dni. Jeżeli tego nie zrobią, KRK odmawia rozpatrzenia wniosku w formie postanowienia, na które służy zażalenie do ministerstwa sprawiedliwości. Dopiero decyzję ministra (wydaną również w formie postanowienia) można zaskarżyć do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Mimo to, zdaniem części ekspertów, pracodawcy nie powinni płacić do KRK.
Zgodnie z przepisami, nie wiadomo, co grozi tym samorządowcom, którzy do 10 stycznia 2007 r. nie wystąpili do KRK z zapytaniem o niekaralność. Nowelizacja ustawy o pracownikach samorządowych nie ustanowiła bowiem żadnej sankcji dla pracodawców, którzy nie wywiążą się z obowiązku sprawdzenia, czy ich pracownicy byli karani.